בבית המשפט המחוזי בירושלים התחדשה חקירתו הנגדית של אילן ישועה על ידי עו"ד בעז בן צור, פרקליטו של ראש הממשלה לשעבר נתניהו.
ההגנה הגישה לבית המשפט שני קלסרים של התכתבויות בין ישועה לבין עשרות גורמים מסחריים, תקשורתיים ופוליטיקאים, שנמצאו במכשיר הנייד של מנכ"ל וואלה לשעבר, במהלך החיפוש הנוסף שבוצע לפי דרישת ההגנה.
ישועה יעומת בין היתר עם התכתבויות שערך עם ח"כ יצחק הרצוג, כיום נשיא המדינה, ערב בחירות 2015. הרצוג התמודד אז בבחירות כראש "המחנה הציוני" מול נתניהו.
באחת ההתכתבויות שנחשפה, מ-16 בינואר 2015 כתב ישועה להרצוג:
"הי ברכות על הסקרים! מחזיק לך אצבעות. מה עם בטחוניסט, חשוב במיוחד לאור הרשימה. אל תהסס להיעזר בי ולסמס בכל שעה, מצידי 10 פעמים ביום".
הרצוג השיב לישועה: "הכל בטיפול. תודה ממש על הכל".
ישועה להרצוג: "אתה הולך לעשות הסטוריה, ובמיקום הזה ובנסיבות האלו תציל את עם ישראל פשוטו כמשמעו… ותהיה ההרצוג הגדול מכולם…".
הרצוג לישועה: "לאט לאט אבל אמן".
בהתכתבות אחרת, מיום הבחירות ממש (17 מרס 2015), כתב ישועה לעורך האתר ינון מגל, על החלטתו להיענות לבקשה של נפתלי בנט להעלות כתבה על המאבק ב"שתיית הקולות" מצד הליכוד. בפועל, מדובר בכתבה ראשית שפורסמה באתר ערב יום הבחירות. לצד הכתבה הופיעה תמונה משותפת של בנט ויאיר לפיד.
כותרת הכתבה היתה: "'זו מלחמה ארסית נגדנו': בנט ולפיד נלחמים באובדן קולות".
ישועה כתב על כך לינון מגל: "בנט היה מאוד בלחץ. אחרי שפנה אלי אתמול, העלינו ידיעה על איך הליכוד והמחנה מנסים לגנוב מלפיד ומהבית (היהודי)…".
בעדותו הראשית, בחודש אפריל לפני תחילת החקירה הנגדית, היתמם ישועה ואמר שהפעמים היחידות בהן התערב בבוטות בענייני מערכת היו לבקשת שאול אלוביץ – בענייני נתניהו ומשפחתו.
בעדותו הראשית, טען ישועה כי "לאחר השקת וואלה כאתר חדשות בסוף 2012 התחילו לבוא בקשות לגבי העלאת והורדת ידיעות… הבקשות רובן ככולן נגעו לראש הממשלה ולמשפחתו". וכן: "כל אדם יכול לפנות אלי לגבי אייטם שפורסם. עם בני הזוג נתניהו היה דפוס אחר… אנחנו שייכים להם. צריכים לעשות מה שאומרים לנו בצורה מלאה".
