ב-31 במאי סמוך לשעה 22:00 התקבל דיווח על חמישה פצועי ירי שהגיעו לתחנת מד"א ברהט. חובשים ופראמדיקים של מד"א העניקו טיפול רפואי ופינו לבית החולים סורוקה חמישה פצועים בהכרה עם פציעות חודרות, בהם אחד במצב קשה, שניים בינוני ושניים קל.
שוטרי מרחב נגב שהוזעקו למקום איתרו את זירת האירוע בשכונה 9 והחלו בחקירת המקרה תוך פעולות להשלטת הסדר. לאתר "פוסטה" נודע כי הנפגעים משתייכים למשפחת אבו לטיף מרהט. מחקירת ראשונית עלה כי הירי בוצע לעבר עסק, כחלק מסכסוך בין משפחת אבו לטיף למשפחת אבו סהיבאן.
תוך זמן קצר נעצרו החשודים רפי אבו צהיבאן ואחמד אלרמילי בחשד לקשירת קשר לפשע וסיוע לאחר מעשה, בטענה שסייעו לחשודים המרכזיים. מעצרם של השניים בוצע מכיוון שנקשרו לרכב שהיה מעורב בירי ונמצא נטוש. אבו צהיבאן קשר את עצמו לאירוע ופירט את נסיבות מעורבותו, בעוד אלרמילי קשר את עצמו לרכב ופירט כיצד הגיע הרכב לידיו. ואולם, לטענת המשטרה, "הגרסאות שלהם מעוררות תמיהה". סנגוריהם, עורכי הדין נטלי אוטן ואיסמעיל אלרומילי, הכחישו את המיוחס למרשיהם. השופטת שרה חביב קבעה כי הראיות נסיבתיות ואינן בעוצמה גבוהה, אך האריכה את מעצרם בשלושה ימים.
הסנגורים לא השלימו עם ההחלטה והגישו ערר לבית המשפט המחוזי בבאר שבע, שם התברר כי אבו צהיבאן ואדם נוסף נמלטו ברכב מזירת אירוע הירי, ובשלב מסוים התנגשו ברכב אחר מלפנים ומאחור, ואחר כך נמלטו מהרכב. אחמד אלרמילי נקשר לאירוע כיוון שהגיע למקום התאונה, לקח את הרכב והחנה אותו ליד ביתו.
הסנגורים טענו בדיון כי קיים סרטון אבטחה המתאר את התאונה. עוד הם טענו כי אירוע הירי התרחש לכאורה לאחר התאונה, ולכן לא ניתן לקשור את הרכב לאירוע הירי. למעשה, טענו הסנגורים, ניתן לראות את סרטון האבטחה כטענת אליבי לגרסת אבו צהיבאן לפיהאינו קשור לאירוע הירי.
לאחר בחינת טיעונים אלו ואחרים, השופט איתי ברסלר גונן הורה על שחרור החשודים למעצר בית (10 יוני).
ביום חמישי נעצרו שלושה חשודים נוספים במסגרת החקירה. ביניהם וחיד סהיבאן ו-ולאא בזאר. המשטרה ייחסה להם קשירת קשר לפשע וסיוע לאחר מעשה. בדיון להארכת מעצרם הצהירה המשטרה כי אין בשלב זה בידי היחידה החוקרת את החשודים בירי עצמו. עו"ד אוטן שייצגה גם את שני החשודים הללו הכחישה את המיוחס למרשיה.
השופט רון סולקין קבע לגבי החשודה בזאר, כי "קיימות ראיות במדרג גבוה המלמדות על מעורבות עמוקה בפרשה ואף על היותה הכוח המניע בפרשה". ביחס ל-וחיד סהיבאן, השופט קבע כי "קיימות ראיות על היותו אחד מבני החבורה שביצעו מעשי ירי, גם אלה ראיות ברמה גבוהה… מדובר בסכסוך אלים ומדמם, במסגרתו נערך באופן מתמשך, שימוש בנשק ים מטעם הצדדים המעורבים וכבר נפצעו מספר אנשים".
לאור הקביעות הללו הוארך מעצרם של השניים הוארך עד 14 ביוני.
עו"ד אוטן הגישה ערר גם על ההחלטה הזו לבית המשפט המחוזי בבאר שבע. המשטרה טענה כי בזאר קשרה קשר עם אחרים לביצוע הירי, בעוד ש-סהיבאן חשוד שסייע ליורים להימלט. השופטת גאולה לוין קבעה כי איננה "שותפה לקביעה כי מדובר בראיות במדרג גבוה המלמדות בהכרח על מעורבות עמוקה בקשירת קשר". לדבריה, גם הטענה כי החשודים קורבנות ירי שבוצע לעבר ביתם, כך על פי טענתם, אינה שוללת את החשדות נגדם. כך או כך, השופטת קיבלה חלקית את הערר בכך שקיצרה את ימי המעצר עד 13 ביוני.
עו"ד אוטן מסרה בתגובה: "צר לי שהיחידה החוקרת במקום להתמקד באיתור היורים, מבקשת את מעצרם של מי שהינם קורבנות בעצמם. אנו נפעל במלוא המרץ לרבות הגשת עררים לבית המשפט המחוזי, כפי שנעשו במקרה זה, ובצדק, על מנת להמשיך ולהוכיח את חפות מרשנו".
