הסנגוריה הצבאית מתריעה על כליאת יתר וענישת יתר בצה"ל, וקוראת לקדם חלופות מאסר ולחזק את הכלים השיקומיים, בדומה לתהליכים במערכת המשפט האזרחית. כך עולה מהדו"ח הדו-שנתי שפרסמה הסנגוריה לשנים 2017-2018.
הסנגוריה הצבאית מייצגת כ-77 אחוז מהנאשמים בבתי הדין הצבאיים. 50 אחוז מהחקירות הפליליות בצה"ל, על פי נתוני הסנגוריה לשנת 2018, הן בתיקי סמים. 11 אחוז מהחקירות עוסקות בעבירות מין. 16 אחוז מהחקירות בגין עבירות בפעילות מבצעית. שבעה אחוז בשל נפקדות ועריקות מצה"ל. רק שני אחוז מהחקירות הן בתיקי אלימות.
בכל שנה מוגשים כ-3,000 כתבי אישום בגין השתמטות או היעדרות משירות סדיר וכ-800 כתבי אישום בתיקי מצ"ח. לדברי הסנגור הצבאי הראשי, אל"מ רן כהן, כמעט ואין דוגמאות לחיילים בשירות סדיר שאינם נידונים לעונש מאסר ממשי בעקבות ההרשעה, וחלופות מאסר כמעט אינן עומדות על הפרק.
מהדוח עולה כי בשנה האחרונה החל להתקיים פיילוט להחלת המנגנון של תסקירי מבחן במערכת השיפוט הצבאית, בשלב טיעונים לעונש. זאת לאחר שהסנגוריה הצבאית הגישה קדם בג"ץ נגד הצבא בדרישה להקים מערך של תסקירי עונש לחיילים. הסנגוריה הצבאית הציגה את הפער בין חיילים לאזרחים בני אותו גיל שלא התגייסו, העומדים לדין. במערכת המשפט האזרחית יש חובה להפנות לתסקיר מבחן כל אזרח העומד לדין לפני גיל 21, ואילו מחיילים היתה מנועה אפשרות זו, הפורשת את נסיבות הנאשם וסיכויי השיקום בפני בית המשפט.
על פי הדוח, הסנגוריה הצבאית פועלת לקדם גם את הגברת השימוש בעונש של עבודה צבאית כחלופת מאסר, וכמקבילה לעבודות שירות. בעוד במערכת הפלילית האזרחית מתחילים מדי שנה כ-5,000 נאשמים בריצוי עונש של עבודות שירות במסגרת 450 מקומות עבודה, במערכת הצבאית מרצים בכל שנה רק כ-150 חיילים עונש בדרך של עבודה צבאית.
אחד התחומים בהם הצליחה הסנגוריה הצבאית לתקוף את סמכויות המשטרה הצבאית, הוא בחיפוש הגורף שנהגה לעשות מצ"ח במכשירים סלולריים של חיילים. בשנת 2017 דחה בית המשפט העליון בקשת רשות ערעור של התביעה הצבאית, והתקבלה עמדת הסנגוריה הצבאית כי אין די בהבעת הסכמה מצד חייל נחקר לביצוע חיפוש חודרני במכשיר הסלולרי שלו. לשם עריכת חיפוש זה על החוקרים להקדים ולקבל צו מבית המשפט. לצד הסנגוריה הצבאית התייצבו כידידי בית המשפט הסנגוריה הציבורית והאגודה לזכויות האזרח.
בשנה האחרונה, לרגל שנת ה-70 למדינת ישראל, הסנגוריה הצבאית קידמה מחיקת רישומים פליליים של עשרות חיילים שנשפטו בהיותם קטינים והצליחו להשלים את השירות הצבאי. אל"מ כהן מסר: "הדוח מלמד על הצלחה בקידום משמעותי של זכויות החיילים במערכת המשפט הצבאית, אך יש עוד כברת דרך רבה נוספת, והסנגוריה הצבאית תמשיך לפעול להגנת החיילים".
