המחלקה הכלכלית בפרקליטות המדינה הגישה כתבי אישום נוספים בפרשת נתיבי ישראל. כתבי האישום הוגשו לבית המשפט המחוזי מרכז נגד מנכ"ל החברה לשעבר אלכס ויז'ניצר ונגד הקבלן יהודה בוזגלו ובעלי תפקידים בחברת ביבי כבישים עפר ופיתוח.
לפי כתב האישום, בשנים 2006-2010 קיבל ויז'ניצר מבוזגלו, במענה לדרישותיו, כספי שוחד בסכום שנע בין מיליון ומאה אלף שקלים לבין שלושה מיליון שקלים. אישום נוסף מייחס לויז'ניצר דרישות שוחד מיואב סרנה, בעלי חברת א. אפשטיין ובניו. בין השנים 2005-2009 התקשרה נתיבי ישראל עם אפשטיין בחוזי ניהול פרויקטים בשווי של למעלה מ-130 מיליון שקל. לפי האישום, ויז'ניצר נהג לפנות לסרנה ולרמוז כי הוא מצפה לתשלום עבור העבודות שחברתו מקבלת מנתיבי ישראל. בהמשך, נטען איים ויז'ניצר על סרנה כי אם לא יענה לדרישות השוחד, הוא יביא לחיסולה של חברת אפשטיין.
כתב אישום נוסף מייחס לאיתמר מחלב, רואה החשבון המבקר של חברת ביבי כבישים, ולאחרים תיווך לשוחד, רישום כוזב במסמכי תאגיד ועבירות מס.
