פרקליטות מיסוי וכלכלה הודיעה לבר רפאלי והוריה, ציפי ורפי רפאלי, כי נשקלת העמדתם לדין בכפוף לשימוע, בעבירות מס. רפי וציפי רפאלי חשודים גם בעבירת הלבנת הון.
לפי כתב החשדות, בשנים 2006-2007 הגישה בר רפאלי דוחות לפקיד השומה, בהם דיווחה שאינה תושבת ישראל, ולא כללה בהם הכנסות שהפיקה מעבודותיה בחו"ל. בשנת 2009, נחתם הסכם פשרה ולפיו ישולם מס בישראל בגין מלוא הכנסותיה של בר רפאלי בארץ ובעולם, שהופקו בשנים 2005-2007. במסגרת זו ,נטען, הסתירו בר וציפי רפאלי מפקיד השומה הכנסות בסך כ-6 מיליון שקלים.
בהמשך לפי החשד הקימה רפאלי חברות בחו"ל, פתחה חשבונות ברחבי העולם והכנסותיה הוזרמו אליהם. בדוחות המס ובהצהרת הון שהגישו החשודים, הצהירו כי אין לבר רפאלי הכנסה בישראל וכי היא תושבת חוץ. בדיוני שומה לשנים 2009-2012 מסרו החשודים לפקיד השומה מידע כוזב והסתירו ממנו מידע רלוונטי, וזאת במטרה להסתיר את זיקותיה של בר רפאלי לישראל. במקביל הציגה בר רפאלי בפני רשויות המס בארצות הברית מצגים לפיהם היא איננה תושבת ארה"ב וכי היא מתגוררת בישראל.
ההכנסות לגביהן בוצעו פעולות ההסתרה עמדו על מיליוני שקלים לכל שנה בין 2009-2012, ובסך הכל למעלה מ-23 מיליון שקלים. בין היתר, בשנים אלו שכרה ורכשה בר רפאלי דירות בישראל, אולם לאור חששן של בר וציפי רפאלי כי עובדות אלו עשויות להוות זיקה בה יתחשב פקיד השומה בקביעה כי מרכז חייה בישראל, הסתירו את שמה מרישומי הדירות תוך הצגת מצגים כוזבים לכאורה לרשויות.
עוד על פי כתב החשדות, ציפי רפאלי חשודה בהשמטת הכנסות בסך כ-3 מיליון שקלים מעמלות שקיבלה כתוצאה מפעילותה כסוכנת של בר רפאלי, וזאת באמצעות הפקדת העמלות בחשבונות בנק בחו"ל על שם בר או חברות בשליטתה. רשות המסים הוציאה צו לקבלת דפי הבנקים בחו"ל, לבר ולציפי רפאלי. הדפים נמסרו רק כשנתיים לאחר הוצאת הצו, ולאחר הליך משפטי שניהלה הרשות.
בר וציפי רפאלי חשודות גם בביצוע עסקאות חליפין, בתמורה לפרסום ויחסי ציבור, שהניבו הכנסות בגובה מיליוני שקלים מבלי שדיווחו לרשויות, לרבות מימון שכר דירה ורכש דירה, וכן שימוש ברכבי יוקרה. בנוסף, לציפי ורפי רפאלי מיוחסות עבירות הלבנת הון שכן הצהירו שהם הנהנים בחשבונות אשר בפועל בר רפאלי הייתה הנהנית בהם.
לחשודים ניתנה אפשרות לקיים הליך שימוע פרקליטות מיסוי וכלכלה בטרם תתקבל החלטה אם להגיש כתב אישום.החקירה בוצעה על ידי פקיד שומה חקירות תל אביב ברשות המיסים. את משפחת רפאלי מייצגים עורכי הדין אודי ברזילי, עופר רחמני, מוטי לזר ורותי ליטבק.
עו"ד רחמני המייצג את ציפי רפאלי מסר: "טיוטת כתב האישום (הודעת יידוע) חסרת תקדים בהיקפה ובתוכנה. ברור לכל, כי מדובר בסוגיה אזרחית לחלוטין, של תושבות. כמוה יש רבות, אך ללא כתב אישום. הסוגיה כולה נמצאת בהליך אזרחי בפני בית המשפט המחוזי, אולם לפרקליטות אצה הדרך, שלא להמתין להכרעת שופט מסים בערכאה בכירה, הצפויה ממש בקרוב.
"לאחר שלוש שנות הליך, בחרה הפרקליטות מטעמיה, לסכל הליך משפטי מעמיק ומקצועי בערכאה מחוזית, תוך קביעת 'עובדות' בדמות טיוטת כתב אישום, המלביש חליפה פלילית למחלוקת אזרחית מובהקת. ציפי רפאלי פעלה, אך ורק תוך ייעוץ מקצועי צמוד, אישרה את סוגיית התושבות עם פקיד השומה ואף נחתם הסכם שומה בעניין, על כל הוודאות הנלווית לכך.
"באורח חריג וחסר תקדים, הרשויות מתכחשות להסכם השומה, לשקיפות למהות האזרחית המוחלטת, תוך פגיעה חמורה בשם הטוב של מרשתי. הניסיון להפוך סוגיה אזרחית לפלילית, תוך הפעלת אמצעי חקירה שנועדו למלחמה בפשיעה אמיתית (כגון איכונים אגרסיביים) רק מעיד על מוטיבציית היתר וחוסר שיקול דעת, תוך בזבוז כספי ציבור. אנו רוצים עדיין לקוות, שהשימוע יתנהל באוזניים כרויות, קשובות באמת ובראש פתוח".
עורכי הדין ליטבק ולזר מסרו: "בר רפאלי לא עברה כל עבירה. אנו משוכנעים כי לאחר שמיעת טענותינו בשימוע, תתקבל ההחלטה שאין מקום להליך פלילי במקרה זה. המחלוקת האזרחית עם רשות היסים מתנהלת בבית המשפט מזה כשלוש שנים וקרובה לסיומה. לא היה מקום, ודאי לא בעיתוי זה, לפעול להגשת כתב אישום בגין אותה המחלוקת".
