צוות ההגנה של תא״ל (מיל') אבריאל בר-יוסף, הנאשם בתיק הצוללות, פנו לוועדת החקירה הממשלתית שהוקמה לבדיקת פרשת השימוש ברוגלות, בראשות השופט בדימוס משה דרורי, בדרישה שזו תברר ותבחן את השימוש שנעשה במסגרת חקירת תיק 3000.
בר יוסף שהיה קצין בכיר בחיל הים ולאחר מכן המשנה לראש המועצה לבטחון לאומי, נאשם בקבלת שוחד ממיקי גנור, נציג המספנה הגרמנית, יצרנית הצוללות וכלי השייט.
בכתב הפניה לוועדה, מגולל צוות ההגנה הכולל את עורכי הדין ז'ק חן, אורנה פינטו גפסון, ינון סרטל וניר לזר את שרשרת הכשלים שנפלו בחקירת הפרשה, כולל הפעלת אמצעי חקירה דרקוניים נגד רעייתו של אבריאל, בזמן שלא הייתה חשודה בדבר, חריגות מצווי האזנת סתר ששימשו להפעלת הרוגלות וסיווגם לעיתים כחומרי חקירה ולעתים כחומר מודיעיני, מבלי להעביר את הצווים להגנה.
הסנגורים טוענים כי המשטרה החדירה את תוכנות הריגול (הרוגלות) לטלפונים ניידים של חשודים, כמו גנור וגם לכאלה שלא היו חשודים כמו עליזה בר יוסף – רעייתו של המשנה לראש המל"ל. הרוגלות שאבו מרחוק מידע מתוך הטלפונים, לטענת ההגנה בחריגה מהצווים שניתנו על ידי המשפט, ובחריגה מהוראות החוק, שאינן מאפשרות ביצוע חיפוש מרחוק במחשבים.
בחינתן של פעולות אלו שנעשו במסגרת חקירת תיק הצוללות כלולות במנדט שניתן לוועדת החקירה שהוקמה על ידי שר המשפטים יריב לוין בכתב מינוי מהממשלה, לבדיקת פעולות לא חוקיות שנעשו למעקב ואיסוף מידע בכלים טכנולוגיים על ידי המשטרה.
על כל הצווים ותוצריהם הוציאה הפרקליטות תעודות חסיון, ובפראפרזות הדלות שנמסרו להגנה, נטען כי חומרים שנשאבו מהטלפונים בניגוד לצווים – כמו רשימת אנשי קשר, הודעות פתקים ופרטי מידע נוספים שהיו אגורים בטלפונים – לא הועבר לצוות החקירה. הסנגורים מציינים כי זהותם של גורמי המודיעין במשטרה אשר הפיקו את החומר בניגוד לחוק לא הועברה לידיעתם ומשכך, אין להגנה במסגרת ההליך המשפטי כל אפשרות לברר את הסוגייה.
לדברי הסנגורים, גם אם חומר שנשאב מהטלפונים על ידי הרוגלות לא הועבר לצוות החקירה, הרי שמידע שהתקבל במסגרת החיפוש הבלתי חוקי במכשירים הסלולריים, יתכן שהועבר ונעשה בו שימוש לצורך ביצוע פעולות חקירה אחרות. "זאת ועוד", ציינו, "על אף הצהרות המדינה בהליך המשפטי, קיים חשש כי תוצרים אשר הופקו על ידי הרוגלות תוך חריגה מהצווים, שימשו את גורמי המודיעין ואת גורמי החקירה לצורך הכוונת פעולות חקירה ו'הלבנת' חומר שנתפס בדרכים לא חוקיות".
סנגוריו של בר יוסף דוחים את ההסתייגות שהביעה היועצת המשפטית לממשלה, מבדיקת התנהלות המשטרה בתיקים שמתנהלים כעת בבית משפט.
לדברי סנגוריו של בר יוסף, אין יסוד לעמדה זו ואין חשש מפני ׳גלישה׳ של עבודת הועדה, ממצאיה ומסקנותיה, לתחומו של הליך פלילי או להביא לשיבוש המשפט. "מנדט הועדה הוא לבדוק את השימוש שעשו רשויות אכיפת החוק ברוגלות ואת חוקיות השימוש בהן. בנסיבות אלה אין בסיס לאף אחד מהחששות שהועלו, אלא ההיפך הוא הנכון: כתוצאה מעבודת הועדה חקר האמת רק יצא נשכר, זכויותיהם של נאשמים שמשפטם מתנהל יקודמו ומשפטם לא ישובש בשום דרך״.
