סמוך לשעה 21:30 ביום שלישי (11 אוגוסט) התקבל במשטרה דיווח על ירי לעבר גבר בכניסה לבניין ברחוב משה כלפון בעיר נתיבות. עם קבלת הדיווח הוזעקו למקום כוחות משטרה והצלה שאיתרו את הגבר שנפצע באורח קל, והוא פונה לקבלת טיפול רפואי. שוטרי תחנת נתיבות שהגיעו למקום פתחו בחקירה ועצרו שני חשודים במעורבות בירי, כמו גם חשודה נוספת בחשד לקשירת קשר לפשע ושיבוש.
לפי החשד, אחד מבין שני החשודים – יהושע (35) ופנחס (57) דהן – זרק מידו את האקדח ששימש לירי. קרובת משפחתם (48) חשודה בכך שכאשר הגיעו השוטרים לביתה, היא התקשרה למי מהחשודים ואמרה לו לכאורה למצוא דרך מילוט מאחר שהמשטרה בעקבותיהם.
מחקירת אירוע הירי עולה, כי בין החשודים לבין הקורבן ישנה היכרות מוקדמת, וקיים בין הצדדים או המקורבים אליהם סכסוך שאת מהותו המשטרה טרם חשפה. עם זאת, לאתר "פוסטה" נודע כי קורבן הירי הוא אחיו של סוכן סמוי אשר הופעל בשנת 2017 על ידי ימ"ר נגב והפליל עשרות חשודים בסחר בסמים ובאמל"ח בגזרת נתיבות, אופקים, אשדוד והפזורה הבדואית בנגב. הסוכן, בן למשפחה קשת יום מרובת ילדים, גדל בנסיבות משפחתיות לא פשוטות, התחבר במהלך השנים לעבריינים והיה מעורב בעבירות רכוש ואלימות. הוא עצמו אף הורשע לפני מספר שנים בשני אירועי דקירות.
עוד נודע לאתר "פוסטה", כי אחד מהחשודים בירי, יהושע דהן, נעצר בחודש נובמבר אשתקד, יחד עם אחרים, בחשד למעורבות בתקיפת בני משפחתו של הסוכן הסמוי. לפי החשד, הוא והאחרים הגיעו לבית בו מתגוררים בני משפחת הסוכן ותקפו אותם, למרות שהסוכן עצמו לא היה בבית באותה עת. התביעה המשטרתית הגישה בגין תיק התקיפה כתב אישום נגד שישה מעורבים, בהם שני בני משפחת דהן, קרובי משפחתם של יהושע ופנחס. לפי כתב האישום נגד השישה, המעורבים קשרו קשר לתקוף את הסוכן שהפליל שניים מהם, שהינם חבריהם של בני בני משפחת דהן.
עוד נטען אז בכתב האישום, כי השישה הגיעו באישון ליל אל הבית לאחר ששתו אלכוהול. עם הגעתם תקפו את אמו של הסוכן, ואחד מהם התיז גז פלפל. במהלך תקיפת בני המשפחה בוצע שימוש בכיסאות, ואחד מהתוקפים אף שיסה כלב באמו של הסוכן. במהלך התקיפה האלימה צעקו שניים מהנאשמים, בני משפחת דהן, לעבר האם: "משפחה של סמויים, אנחנו נז**ן ונדקור אותכם". בהקשר זה יש לציין כי התביעה המשטרתית סברה אז כי הרקע לתקיפה היה העובדה ששניים מהנאשמים הופללו בשנת 2017 על ידי הסוכן. לפני מספר חודשים נשפטו ששת המעורבים במסגרת הסדר טיעון, ונגזרו עליהם בין 9 ל-11 חודשי מאסר.
בחזרה לאירוע הירי אמש. סנגוריהם של החשודים, עורכי הדין נאסר אלעטאונה וטל ארד, הכחישו בבית המשפט את המיוחס למרשיהם. לדברי עו"ד ארד, מרשו מסר אליבי לפיו בזמן הירי היה בחדר כושר, שבו יש מצלמות ועל כן ניתן לאמת את גרסתו. הסנגורים הוסיפו וטענו כי הרקע לסכסוך בין החשודים לבין הקורבן אינו מהווה כל ראיה ואינדיקציה המחזקת את החשד. בתום הדיון, השופטת אורית ליפשיץ קבעה כי קיים חשד סביר והאריכה את מעצרם של השניים ביממה.
יש לציין כי ברמה המודיעינית, מאז פעילותו של הסוכן הסמוי נוצר סכסוך מר בין הצדדים, שהוביל למספר אירועים אלימים: אחד מהם היה כאמור התקיפה בבית משפחת הסוכן, ועל פי חלק מהדיווחים היה גם אירוע דקירה. החשד הוא שהירי התבצע במסגרת הסכסוך הזה, ויתכן שאף בתגובה לאחד מהאירועים. לפי אחד מהדיווחים, יחד עם קורבן הירי היו גם אחיו, ולא מן הנמנע כי התכנון היה לפגוע במי מהם.
הסנגור של החשודה טען בדיון להארכת מעצרה כי התבקשה על ידי השוטר ליצור קשר עם קרובי משפחתה ולעדכן אותם בדבר הגעת המשטרה, אך לא היתה לה כל כוונת שיבוש. השופטת ליפשיץ שבחנה לעומק את התיק קבעה כי אין כל אחיזה ראייתית ביחס לחשד לשיבוש, ועל כן הורה לשחרר את החשודה ללא תנאים.
