שעות ספורות לאחר שראש ישיבה הותקף על ידי שני אזרחים ערבים מיפו, עימותים התפתחו בין עשרות תושבים יהודים וערבים.
שוטרי תחנת יפו עצרו הערב שלושה תושבי יפו בחשד להפרות סדר ברחוב הבעש"ט בעיר, שבמהלכן הושלכו אבנים וזיקוקים לעבר כוחות המשטרה הנמצאים במקום לשמירה על הסדר הציבורי. השוטרים השתמשו ברימוני הלם.
כתוצאה מההתפרעויות נפגעו באורח קל שני שוטרים שפונו לקבלת טיפול רפואי. החשודים הובאו לחקירה בתחנה ובהתאם לצורכי החקירה וממצאיה תבחן המשטרה את הארכת מעצרם בבית משפט השלום בת"א.
עוד לפני שפרצו העימותים, מאיגוד ישיבות ההסדר נמסר בתגובה לאירוע בו הותקפו ראש הישיבה: "איגוד ישיבות ההסדר מזועזע מאירוע הטרור החמור שכוון נגד הרב אליהו מאלי ראש הישיבה ביפו ומנכ"ל הישיבה משה שנדוביץ היום. אנחנו מבקשים לחזק את ידיהם, וכן את התלמידים וכל צוות הישיבה שפועלים להפיח רוח יהודית וציונות ביפו ובכל מקום אחר בארץ. אנחנו קוראים למשטרה ורשויות החוק למצות את הדין באופן מהיר והחלטי עם אותם הפורעים. דווקא בימים אלו, ימי העצמאות וההודאה על מדינת ישראל, אסור לנו לשתוק על כך שיהודים לא יכולים להסתובב חופשי בתל אביב-יפו, בלוד, רמלה, יו"ש ובירושלים. בכל מקום שבו ינסו לזרוע הרס אנחנו נמשיך לנטוע תורה, חיים והתיישבות".
תעשה כתבה רצינית לא כמה מילים בקיצור שהיהודים אחים שלנו יתעוררו ויתנהגו כמו נוער הגבעות מה זה ככה משפילים אותנו נגמר הימים נוסח השואה מסעות צלב גירוש ספרד וכו אלוהים איתנו ולתת בראש בלי להסס לגוים שמבקשים רעתנו ומסר לאותם יהודים שמביאים ערבים על יהודים אלוהים יכין לכם הפתעה שלא חלמתם עליה ישתבח שמו לעד "כן יאבדו כל אויביך ה"